Vetenskapen bakom FCU-system använder grundläggande fysikprinciper, särskilt termodynamiska lagar, som styr processer relaterade till värmeöverföring, som ledning och konvektion. Värmeabsorption sker genom dess spiral när köldmediet avdunstar för att svalna under kylläget.
När det gäller praktiska implikationer har FCU-systemet luft- och köldmedierörelse. I kylläge tar den upp varmare luft från detta utrymme och blåser den över spolen. Därför tar köldmediet bort värme från luften och kyler därmed bort den.
Denna svala luft återcirkuleras sedan in i rummet och kyler den effektivt. Men i uppvärmningsläge används den omvända processen. Värme avlägsnas från kylmediet genom slingan och överförs till luften, värmer upp den innan den släpps ut i rummet igen.